Указом Сената от 15 июля 1761 года Савве Чевакинскому было поручено проектирование нового здания вместо разобранного. Проект не был воплощён, но именно Чевакинскому принадлежит идея переноса церкви дальше от реки — в одном из вариантов место для неё было выбрано там, где находится современный собор.
Екатерина II одобрила идею воссоздания колокольни Исаакиевского собора, но в прежних формах, не принимая во внимание проект Чевакинского, в котором предлагался совершенно иной облик собора. Вскоре Чевакинский подал в отставку. В 1766 году был издан указ о начале работ на новой строительной площадке, намеченной Чевакинским. 19 января 1768 года Екатерина II подписала указ «Об изготовлении мрамора и дикого камня на строение Исаакиевской церкви в Кексгольмском уезде погостах Сердобольском и Рускеальском с устройством там шлифовальных мельниц». Торжественная закладка здания состоялась 8 августа 1768 года, и в память об этом событии была выбита медаль.
Новый проект собора был разработан Антонио Ринальди. Здание по замыслу архитектора имело пять сложных по рисунку куполов и высокую стройную колокольню. Стены по всей поверхности облицовывались мрамором. Обстоятельства сложились так, что Ринальди не смог завершить начатую работу. Здание было доведено лишь до карниза, когда после смерти Екатерины II строительство прекратилось, и Ринальди уехал за границу.
Проект Ринальди
Вступивший на престол Павел I поручил архитектору Винченцо Бренне срочно завершить работу. Бренна приступил к работе 1 апреля 1798 года. Поначалу архитектор предполагал следовать проекту Ринальди, но вскоре, из-за отсутствия средств, архитектор был вынужден исказить проект Ринальди. К тому моменту собор был возведён до основания барабанов куполов. Бренне пришлось уменьшить размеры верхней части здания и главного купола и отказаться от возведения четырёх малых куполов, а также уменьшить высоту колокольни на один ярус. Мрамор для облицовки верхней части собора был передан на строительство резиденции Павла I — Михайловского замка. Собор получился с искажёнными пропорциями, приземистым, со странным сочетанием роскошного мраморного цоколя и кирпичных стен.
Это сооружение вызывало насмешки и горькую иронию современников. Широкое распространение получила в разных вариантах следующая эпиграмма:
Се памятник двух царств,
Обоим столь приличный:
На мраморном низу
Воздвигнут верх кирпичный.
Авторство её приписывалось А. Д. Копьеву и называлось как одна из возможных причин его ареста и высылки из столицы в 1797 году[28]. По другой версии, восходящей к запискам Я. И. де Санглена, эпиграмму сочинил некий морской офицер Акимов и при попытке прикрепить листок с четверостишием к фасаду собора был арестован, а дальше по приказу императора его фаворит генерал Обольянинов и адмирал Балле распорядились отсечь ему язык и уши и отправить в Сибирь. В различных вариантах петербуржцы пересказывали опасную эпиграмму:
Сей храм покажет нам,
Кто лаской, кто бичом,
Он начат мрамором,
Окончен кирпичом.
Позднее, при императоре Александре I, когда при исполнении окончательного монферрановского варианта собора стали разбирать кирпичную кладку, фольклор откликнулся на это новой эпиграммой.
Сей храм трёх царствований изображение:
Гранит, кирпич и разрушение.
30 мая 1802 года третий Исаакиевский собор был завершён и освящён. В виде совершенно отличном от спроектированного Ринальди.
Уже вскоре после его постройки сложилось мнение, что здание необходимо перестроить.