Церковь была пристроена к снесенному бенедиктинскому монастырю, который стоял на нынешней площади Пьяцца-дель-Монте; освященный в 1325 году, комплекс имел происхождение, относящееся к 13 веку. В 1553 году церковь стала мавзолеем Сфорца, куда были перенесены останки семьи из церкви Сан-Джованни Баттиста. Сегодняшняя отделка является результатом полной реконструкции церкви и монастыря восемнадцатого века: проект церкви был подписан в 1740 году Луиджи Ванвителли, известным архитектором Папской области, автором дворца Казерты. Реконструкция церкви Святой Марии Магдалины, порученное Ванвителли ученику Антонио Ринальди, завершается в 1745 году.
После объединения Италии, с передачей церковной собственности государству, церковь осталась без присмотра, ряд работ, украшавших ее, были вывезены, в том числе три запрестольных образа работы пезареца Джаннандреа Лазарини. Фасад, незаконченный в верхней части, вогнут.
Как и во многих других сооружениях, используемым материалом является терракота, чередующаяся с белым истрийским камнем портала. Интерьер украшен лепными скульптурами и барельефами Джузеппе Мацца, болонского художника, работающего в Пезаро, также в церкви Сантиссима Аннунциата.
В 1995 году реставрация была проведена архитектором Селио Франсиони, который санкционировал использование пространства в качестве места проведения культурных мероприятий; по этому картины Лазарини вернулись на свое первоначальное место.
Источники:
http://www.comune.pesaro.pu.it/cultura/teatri-e-arene/teatri/chiesa-di-santa-maria-maddalena/